TCR Repertoire Analysis
ImmunoGeneTeqs Inc.
2022-08-29
1 シークエンスデータからのＴ細胞クローンの検出
各サンプルごとに、NGSから出力された総リード数(Input.sequences)と、クローンの検出に使われたリード数の割合
(read.passed_total) を示す。
加えて、全出力リード中で解析に使用した高クオリティのリードの割合(Good.sequnece.ratio)と、TCR配列を含むリードの割合
(align_passed)も併せて示す。
細胞の種類は”mmu” 。
シーケンスリードのクオリティフィルダリングはfastp-v0.23.2を用いた。処理における閾値の“–cut_tail_min_quality”は15、“–average_qual”は15に設定し,リード長が75bp以下のものは除去し、最大リード長は250bpになるようトリムした。fastpのレポートは”/data/fastp_log”に出力した。
アラインメントおよびアセンブリはmixcr-3.0.13を用い、集計・描画はvdjtools-1.2.1を用いた。
mixcrの解析パラメータは下記の通りである。
-s mmu –starting-material rna –5-end no-v-primers –3-end c-primers
–adapters no-adapters –receptor-type trb –region-of-interest CDR3
–only-productive –align “-OvParameters.geneFeatureToAlign=VTranscript”
–align “-OvjAlignmentOrder=JThenV” –assemble “-ObadQualityThreshold=15”
–assemble “-OseparateByV=true” –assemble “-OseparateByJ=true”
各サンプルのクローンテーブル (TCRの配列情報とその頻度をまとめたテーブル)
は”/data/Comp/“に出力した。
2 Ｔ細胞レパトアの特徴の要約
各レパトアの多様性の指標として、検出された機能的なクローン数 (Clone_count) を示す。
加えて、各レパトアにおける特定クローンへの頻度の偏りの程度 (clonality) として、1-Pielou指数 (1-Pielou)、および上位10クローンの頻度の総和 (top10) を示す。
(Clonalityの値が高い場合は「抗原に反応した一部のクローンが増殖したレパトア」、clonalityの値が低い場合は「各クローンが比較的均等に増殖しているレパトア」であると解釈できる。)
2.1 Circos plots
各タブのCircos plotは，“/data/circos/”に保存した．
2.1.1 post1_Blood_CD4_0002
post1_Blood_CD4_0002
2.1.2 post2_Blood_CD4_0002
post2_Blood_CD4_0002
2.1.3 pre_Blood_CD4_0002
pre_Blood_CD4_0002
2.2 Scatter plots
各Scatter plotは，’/data/scatter/’に保存した．
2.2.1 post1_Blood_CD4_0002_vs_post2_Blood_CD4_0002
重複クローン数 : 3866
重複クローン頻度（第1サンプル内） : 27.1%
重複クローン頻度（第2サンプル内） : 23.7%
post1_Blood_CD4_0002_vs_post2_Blood_CD4_0002
2.2.2 pre_Blood_CD4_0002_vs_post1_Blood_CD4_0002
重複クローン数 : 3239
重複クローン頻度（第1サンプル内） : 20.2%
重複クローン頻度（第2サンプル内） : 21.5%
pre_Blood_CD4_0002_vs_post1_Blood_CD4_0002
3 シークエンスデータの処理過程の詳細
4 SessionInfo
R version 4.2.1 (2022-06-23)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 20.04.4 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/liblapack.so.3
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] parallel stats graphics grDevices utils datasets methods
[8] base
other attached packages:
[1] pdftools_3.2.0 RColorBrewer_1.1-3 circlize_0.4.14 cowplot_1.1.1
[5] ggplot2_3.3.6 shiny_1.7.1 data.table_1.14.2 dplyr_1.0.9
[9] doParallel_1.0.17 iterators_1.0.14 foreach_1.5.2 DT_0.22
[13] stringr_1.4.0 rmdformats_1.0.3 knitr_1.39
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.8.3 assertthat_0.2.1 digest_0.6.29
[4] utf8_1.2.2 mime_0.12 R6_2.5.1
[7] evaluate_0.15 highr_0.9 pillar_1.7.0
[10] GlobalOptions_0.1.2 rlang_1.0.2 rstudioapi_0.13
[13] jquerylib_0.1.4 rmarkdown_2.14 qpdf_1.1
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[19] httpuv_1.6.5 xfun_0.30 pkgconfig_2.0.3
[22] askpass_1.1 shape_1.4.6 htmltools_0.5.2
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[31] withr_2.5.0 later_1.3.0 grid_4.2.1
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[43] promises_1.2.0.1 bslib_0.3.1 ellipsis_0.3.2
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[55] sass_0.4.1