1 シークエンスデータからのT細胞クローンの検出

各サンプルごとに、NGSから出力された総リード数(Input.sequences)と、クローンの検出に使われたリード数の割合 (read.passed_total) を示す。
加えて、全出力リード中で解析に使用した高クオリティのリードの割合(Good.sequnece.ratio)と、TCR配列を含むリードの割合 (align_passed)も併せて示す。

細胞の種類は”mmu” 。
シーケンスリードのクオリティフィルダリングはfastp-v0.23.2を用いた。処理における閾値の“–cut_tail_min_quality”は15、“–average_qual”は15に設定し,リード長が75bp以下のものは除去し、最大リード長は250bpになるようトリムした。fastpのレポートは”/data/fastp_log”に出力した。

アラインメントおよびアセンブリはmixcr-3.0.13を用い、集計・描画はvdjtools-1.2.1を用いた。
mixcrの解析パラメータは下記の通りである。
-s mmu –starting-material rna –5-end no-v-primers –3-end c-primers –adapters no-adapters –receptor-type trb –region-of-interest CDR3 –only-productive –align “-OvParameters.geneFeatureToAlign=VTranscript” –align “-OvjAlignmentOrder=JThenV” –assemble “-ObadQualityThreshold=15” –assemble “-OseparateByV=true” –assemble “-OseparateByJ=true”
各サンプルのクローンテーブル (TCRの配列情報とその頻度をまとめたテーブル) は”/data/Comp/“に出力した。



2 T細胞レパトアの特徴の要約

各レパトアの多様性の指標として、検出された機能的なクローン数 (Clone_count) を示す。

加えて、各レパトアにおける特定クローンへの頻度の偏りの程度 (clonality) として、1-Pielou指数 (1-Pielou)、および上位10クローンの頻度の総和 (top10) を示す。

(Clonalityの値が高い場合は「抗原に反応した一部のクローンが増殖したレパトア」、clonalityの値が低い場合は「各クローンが比較的均等に増殖しているレパトア」であると解釈できる。)


2.1 Circos plots

各タブのCircos plotは,“/data/circos/”に保存した.

2.1.1 post1_Blood_CD4_0002